Son tracé sera décalé à l'ouest de l'actuel tunnel entre la gare et le Flon, dans le futur tunnel à double voie initialement prévu pour élargir le m2. Ainsi modifié, le parcours du m3 reliera directement la gare à Chauderon, sans arrêt au Flon, avant de se diriger comme prévu vers le plateau de la Blécherette, au nord-ouest de la capitale vaudoise.
La place Chauderon est donc appelée à devenir un nouveau pôle de mobilité. Il y aura ainsi trois pôles principaux combinant les différents modes de transports publics avec des liaisons métro, trains et bus: le pôle Gare (m2/m3/CFF/bus), le pôle Flon (m1/m2/LEB/tram) et le pôle Chauderon (m3/LEB/BHNS/bus/tram), qui accueillera à terme plus de 90'000 passagers quotidiens à l'horizon 2035, soit l'équivalent de la station Flon aujourd'hui.
